Parece muy sencillo, si una capa «A» tiene un z-index inferior a otra capa «B», esta se muestra siempre por debajo… si no contiene un flash y lo ves desde IE.

La solución: sólo tienes que incluir el parámetro wmode = «transparent» en el flash.

Directamente en el HTML incluyes en los parámetros la línea <param name=»wmode» value=»transparent» /> en el Object y wmode=»transparent» en la del embed.